Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа №13» расположено в исторической части г. Тобольска. В микрорайоне, где расположена школа, находится «Жемчужина Сибири» - Тобольский кремль, комплекс музея-заповедника, в состав которого входит краеведческий музей, художественный музей, музей книги и другие учреждения музейного комплекса, В районе школы расположены: Центральная библиотека, ряд внешкольных учреждений (Дом детского творчества, спортивный комплекс «Лидер», Центр детского технического творчества, спортивная школа, филиал Тюменского государственного университета, администрация города).Средняя школа № 13 имеет богатую историю. Своими корнями она уходит в Богородице - Рождественское приходское училище, которое было образовано в 1816 году и существовало более ста лет, но с переездом городского архива часть документов, связанных с существованием школы в период Октябрьской революции и первые годы после нее, утеряна. Документально подтверждается, что в 1923 году в здании бывшего Епархиального женского училища была открыта «Школа-семилетка им. Троцкого», в 1928 году Школа была переименована и стала школой «Имени Коминтерна», с 1934 года по 1936 год - Неполная средняя школа № 3», затем в 1937г. - «Тобольская неполная школа №13» и только в 1941году школа получила название «Средняя школа № 13».
В 1965 году школа переехала в новое типовое здание на 800 мест. В 2008 – 2009 гг. в школе был проведен капитальный ремонт.
Из стен школы вышли выпускники, которыми гордится не только коллектив школы, город, но и вся страна. Это Герой Советского Союза Кошкаров Григорий Никифорович, повторивший подвиг Матросова, президент Российской академии наук Осипов Юрий Сергеевич, доктор физических наук, академик с мировым именем Попов Леонид Евгеньевич, олимпийский чемпион по биатлону Александр Попов, призер чемпионата Европы по биатлону Макавеев Андрей, художник Владимир Игловиков, лауреат международных выставок, художник-косторез Минсалим Тимергазеев, тобольский писатель Вячеслав Софронов и другие.
За пятьдесят лет школа выпустила 79 медалистов, из них 58 с серебряной медалью, 21 с золотой. Ученики школы являются призерами различных конкурсов и олимпиад. В 2006 году ученица школы Шевченко Анна, призер Всероссийской олимпиады по технологии, получила премию президента РФ. Ученики школы являются лауреатами и победителями городских, областных конкурсов, научно-практических конференций: «Шаг в будущее», интеллектуальных игр. В 2007г. школа стала победителем областного смотра-конкурса организаций, оказывающих услуги для детей и молодежи в номинации «За наибольшее количества участников и призеров предметных олимпиад». В 2007 году школа стала победителем конкурса на лучшую инновационную школу в рамках ПНПО. Три педагога (Змановская Т.С.-2006г., Скутина Л.А. – 2007г., Кинжагулова О.Д.-2008г.) школы вошли в число победителей конкурса лучших учителей образовательных учреждений в рамка ПНПО. В декабре 2009 году учитель начальных классов Орлова Т.А. стала победителем Российского профессионального конкурса «Мой лучший урок».
Руководит школой Ольга Владимировна Крапивина. Школа является областной экспериментальной площадкой ТОГИРРО по проблеме "Воспитание социально активной личности в условиях образовательной среды".
