Школа открыта в 1991 году. В 1993-м была утверждена как Реальная Сибирская школа. С 1998 года функционирует как МОУ СОШ № 12. С 2012 г. — получила статус Муниципального автономного общеобразовательного учреждения «Средняя общеобразовательная школа №12».

В школе №12 с 1991 года внедрен технологический профиль, действует архитектурное отделение в 10-11 классах.

Архитектурный профиль представлен следующими курсами: «Введение в специальность», «Основы архитектурной композиции», черчение, живопись.

Воспитательная работа школы ведется по следующим направлениям: «Патриот», «Самоуправление», «Интеллект», «Досуг», «Наш путь к здоровью», «Семья», «Профориентир».

Вошла в программу "Тобольск настоящий": пришкольная территория благоустроена под физкультурные, спортивные и творческие потребности не только учеников школы, но и жителей всего микрорайона.