Это одна из наиболее ранних церквей нижнего посада, сохранившихся в городе Тобольске. Она была заложена в 1745 г. и завершена уже в 1759 г.
В объемно-планировочном решении двухэтажной каменной церкви проявились типичные черты тобольского зодчества середины XVIII в. Для подъема на второй этаж устроена наружная лестница на аркадах. Этот прием и общий живописный характер композиции церкви на подклете со всходом связывают ее с традициями русского зодчества XVII века. В то же время основной объем храма решен в стилистике барокко. По мнению искусствоведов, автором проекта церкви был Козьма Черепанов (1712-1774) - опытный зодчий, резчик.
Особую привлекательность церкви придает ее протяженная каменная ограда с металлической ажурной решеткой-вензелем «М.А.» (Михаил Архангел), выполненная в формах елизаветинского барокко.
С 1839 по 1849 гг. в приходе церкви жила семья Менделеевых.
