Приход был открыт по благословению архиепископа Тобольского Димитрия осенью 1999 года, трудами благочинного Тобольского округа игумена Фотия (Евтихеева) и группы православных верующих микрорайона (бывшего поселка) Иртышский (пригород Тобольска, район речного порта). На собрании верующих было предложено назвать храм в честь святой блаженной Ксении Петербургской.

Администрацией города Тобольска было выделено под храм одноэтажное здание недалеко от речного порта, в котором ранее располагались промышленный и продуктовый магазины. Помещения общей площадью более 600 кв. м. были переоборудованы под храм, крестильню, трапезную, приходскую библиотеку, класс воскресной школы.

Первое богослужение в храме состоялось с 13 на 14 ноября 1999 года. Зарегистрирован приход был 15 января 2001 года. В 2008 году приход первый раз построил Иордань на праздник Крещения Господня и организовал крещенское купание на р. Иртыш. В том же году центральный вход храма был увенчан куполом с крестом. Зимой 2010 года территория перед храмом была благоустроена узорчатой оградкой.