Храм святой равноапостольной Нины Грузинской располагается в небольшой комнате в 60 кв. м общежития №14 микрорайона Менделеево города Тобольска, что в 12 км от центра города, недалеко от железнодорожного вокзала.

В 1997 году в микрорайоне Менделеево начала действовать воскресная школа. Занятия проходили в Эстетическом центре поселка, а первыми преподавателями были студенты Тобольской духовной семинарии. 28 июня 2000 года было проведено собрание Менделеевской православной общины. В декабре того же года общине было предоставлено помещение бывшего "Красного уголка" в общежитии №14, которое и было приспособлено под храм.

27 января 2001 года благочинный Тобольского округа игумен Фотий (Евтихеев) совершил молебен и освятил помещение храма. Он же предложил тогда назвать храм в честь равноапостольной Нины, просветительницы Грузии, потому что в тот день Православная Церковь прославляла память этой святой. С этого времени в новом храме стали совершаться постоянные богослужения.

В октябре 2005 года община верующих мкрн. Менделеево была преобразована в религиозную группу. С этого времени руководство и духовное окормление ее осуществляет приход храма святой блаженной Ксении Петербургской микрорайона Иртышский Тобольска.